A candidatura aos Prémios Millennium Horizontes é feita neste site.

Nesta edição, o processo de candidatura foi simplificado, e a candidatura é válida mediante o preenchimento de um curto formulário. O período de candidaturas foi de dia 1 de julho a 30 de setembro de 2019.
Para as categorias de inovação, na qual a COTEC Portugal assume a avaliação das candidaturas, é de preenchimento obrigatório o innovation scoring. Sendo, por isso, a categoria que exige mais tempo e dedicação dos candidatos.

Nas restantes categorias, a análise é da responsabilidade da Universidade Católica Portuguesa e é feita com base nos dados da IES do ano anterior à realização destes Prémios.

Após o fecho das candidaturas, a COTEC Portugal e a UCP iniciam os processos de avaliações, apurando um conjunto de finalistas para cada categoria. Esta lista de finalista é então apresentada ao painel de júri, sendo nesta sessão, e através de votação, selecionadas as Empresas Vencedoras mediante as avaliações efetuadas.